水户派中的藤田幽谷写作的《正名论》和会泽正志斋的《新论》都对日本近代天皇制的形成影响颇大。《正名论》中说：“先有天地，后有君臣，有君臣而后有上下。”日本人向来注重等级秩序，藤田幽谷便将天皇放在了等级的顶端，他认为日本人应遵奉神道教，采取“祭政合一”的国体。具体来说，幕府首先要尊敬天皇，这样诸侯就会尊敬幕府，诸侯如果尊敬幕府，卿大夫也随之尊敬幕府，如此整个国家就可以和谐团结。天皇是神圣不可侵犯的。会泽正志斋在《新论》中将日本说成是太阳升起的地方，是万物之气发端的地方。因为作为天照大神之裔的天皇居住在日本，所以日本的神圣性不会因日本土地的狭小有丝毫损失。会泽正志斋将世界比喻成一个“人”，认为日本是世界之首，依此类推，那些狂妄的西方国家实是这个“人”的下半身，美国就刚好是世界的腹部，这些位置的国民愚昧野蛮，只有日本能担当起执掌世界，赋予这混乱世界以新秩序的使命，日本早晚有一天会成为世界的支配者，日本是为神庇佑的国家，日本是不会失败的神国。
会泽正志斋是“国体”一词的首创者，而他所谓“日本是神国”依据竟也是《古事记》和《日本书纪》。
危机中的人总会将希望寄托在一些深不可测的事物上，以此安慰自己焦躁的内心，希望宇宙间能有一种神秘的力量突然降临，拯救自己于水火。今天的人在阅读《古事记》和《日本书纪》的时候，可以很轻松地指出其中的哪些故事是神话传说，哪些是历史记录，而当时那些终日笼罩在国家很有可能被外敌吞噬的阴影下的日本人，在现实中难见一丝希望，他们宁愿相信那些充满着迷幻色彩的传说是曾经发生过的事实。日本人在近代对天皇的顶礼膜拜正出自这样一种心理，本居宣长、会泽正志斋以及数不清的日本民众都是如此。
神话是人创造出来的，而创造神话的人绝不只生活在遥远的过去。
一种新的价值体系很快建立起来，在这个价值体系中，天皇就是独一无二的核心。1858年幕府大老井伊直弼未经天皇同意就和西方国家签订不平等条约，此事成了“尊王攘夷”的导火索，而“尊王攘夷”又逐渐引发了倒幕运动。在举国上下都轰轰烈烈的倒幕尊王时，水户派也不失时机地将“国体”和“大义名分”等理论散播开来。
认为天皇制是连续性的富永健一曾将日本的近代化和欧洲的近代化做对比，欧洲国家在走向近代化之时，不是像法国那样彻底推翻了封建皇权，便是如英国那般架空皇权建立起君主立宪制。而唯独日本的天皇，不仅没有随着近代化的来临退出历史舞台，其权力反倒更加集中了，日本的天皇在经历了封建时代后又顺利地成为近代国民国家的统治者。富永健一因此认为，明治维新是在恢复古代天皇制的基础上展开的。
这样看来，日本天皇似乎真的站在时代前端，引领着日本人进步。可即便在“天皇是神”的主张格外高涨的当时，天皇也并没有显出多少“神性”。1844年即位，身为天皇20多年的孝仁天皇就没对时代的发展表现出多少前瞻性，民间倒幕之声愈演愈烈，他却迟迟不能下定倒幕决心，他从没想过维新改革，相反，却希望闭关锁国的政策能继续推进下去。就连最为日本人称道的明治天皇，在即位之初，也会为一两声炮响胆战心惊，一点没显现出其应有的“神性”。
归根结底，是历史让天皇重掌大权，亦是历史让天皇披上了神圣的外衣。国力凋敝之时，人们都需要一个力量强大的绝对权威领导时政，安抚大家焦虑的心情，要打击外敌，切忌自家阵脚大乱，而结合日本实际，天皇则是这一绝对权威的最好人选。天皇的神性有古老的史书为据，天皇在历史上也曾执掌政权，把天皇推上神圣至高的地位，既有利于凝聚天下民心，又不妨碍对西方文化的学习。
随着近代天皇制的建立，日本国民
