一些贵族逐渐控制了国家政事，如果新登基的天皇年幼或身为女性，由贵族担任的关白等摄政大臣甚至可以代替天皇，天皇逐渐沦为国家的傀儡。在这一时期，被幕府流放的、杀害的、任意废立的天皇并不少见，显然，在那时的幕府及国家实权派眼中，天皇并非神圣不可欺，天皇无疑是国家权力斗争中弱势的一方。
镰仓幕府建立后，国家大权更是掌握在武士们手中，他们为国家制法，还将朝内的敌对大臣驱逐出去，他们拥有全国大部分地区的军权。
17世纪，定“武士道”之名的山鹿素行也认为，武士因为天皇“失德”剥夺了天皇的权力，不能算篡权。从战国时代开始，直到江户时代，将军都是日本实际权力的象征，也就是说，这一时期的天皇根本没有政治权力。
本居宣长是日本历史上最著名的国学大师之一，他的学说对日本文化有着深远影响，而“天皇统治，万世一系”的说法，也由他正式提出。本居宣长不满中国的朱子学在日本大行其道，希望重新确立日本文化的自主性，他认为《古事记》和《日本书纪》中的古代传说表明，日本有完全不受佛教和儒教浸染的独特文化，这种文化才是日本文化的“真心”，作为神裔的天皇的存在，让日本不同于世界上的其他国家，天皇是神圣的，日本也是神圣的，在整个世界上，只有日本才有资格承担起统治世界的责任。
治学之人必要严谨客观，和本居宣长同时代的一些学者，比如上田秋成、津田左右吉等都先后指出了本居学说中的漏洞，认为本居宣长不应该把《古事记》和《日本书记》中的神话传说当作历史事实，将现实和神话混淆一体。对这两部史书研究多年的津田左右吉还认为，神武天皇，即日本第一代天皇由神变人的故事根本就是后人杜撰。近代学者加藤周一在《日本文学史序说》中，再次指出本居宣长学说中的这一谬误，并认为本居宣长的这种神秘化天皇的学说，具有明显的民族主义倾向。
然而，由于种种原因，本居宣长这种漏洞颇多的学说在后来却赢得了大部分日本人的认同，幕府末期，“万世一系”的概念又被推崇王权的人士利用，直接影响了近代天皇制概念的产生，而在明治政府的几经努力下，“天皇神圣”、“日本国是神圣之国”的观点逐渐深入社会各阶层的内心，成为明治政府巩固统治的思想教化手段中的重要内容。
从表面上看，日本天皇确实是“万世一系”，菊花王朝堪称世界上历史最长的王朝，从建立至今，拥有着125位天皇，虽经过不少坎坷，却从没有被其他王朝取代过，直到今天依然存在。但深究起来，就会发现，“万世一系”不过徒有其表罢了，天皇在绝大多数时间里，都不是国家权力的中心。
日本战败后，关于天皇家族是否“万世一系”的争论从未停止。上个世纪50年代的日本历史学家井上清认为，天皇制在日本历史上时断时续，近现代的天皇制和古代天皇制完全是两个不同的概念，从本质上看，菊花王朝根本称不上“万世一系”，今天日本人眼中的天皇制的历史并不长久，19世纪后半期的“王政复古”就是它的源头，让它确立下来的就是1889年制定的《大日本帝国宪法》。
安丸良夫在《近代天皇制的形成》中也有和井上清类似的观点。但安丸良夫个人的境遇却更能反映战后日本知识分子思想变化的艰辛。曾几何时，安丸良夫本人也像千千万万个日本人一样对天皇“万世一系”的说法深信不疑，并相信由天皇宣布、支持的战争是“圣战”，是绝对正义公道的，当天皇宣布投降的声音从广播里传来，安丸良夫还按捺不住失落的心情，流下了眼泪。
全盘否定自己曾经的思想对任何一个人来说都极其痛苦，需要极大的勇气，更何况以思想著称的学者。很多人终其一生都不敢正视自己的失败，日本在战败后也依然有不少学者名流，固执地坚持天皇是神的说法，并继续对天皇顶
